内蒙古民族大学蒙医药学院的前身哲里木盟通辽卫生学校始建于1958年，1978年更名为哲里木盟医学院。1979年更名为哲里木医学院。1980年更名为内蒙古民族医学院。1987年更名为内蒙古蒙医学院。2000年，内蒙古通辽地区三所高校（内蒙古民族师范学院、内蒙古蒙医学院和哲里木畜牧学院）合并成立内蒙古民族大学之后，原内蒙古蒙医学院的主体部分蒙医系和蒙药系合并组建的内蒙古民族大学蒙医药学院。
学院现有教职工68人，专任教师52人,实验技术人员 10人。专任教师中具有高级职称28人，占专任教师的53.85%。具有博士学位人员37人，占专任教师的71.15%，具有硕士及以上学位人员52人，占教职工人数的76.47%。博士生导师14人，硕士生导师46人。享受国务院特殊津贴专家2人，全国先进工作者1人，自治区突出贡献专家3人、自治区杰出人才2人，自治区高校教学名师1人，自治区优秀教师3人，自治区名蒙医2人，自治区高校优秀教育工作者1人，自治区高校优秀党务工作者1人，自治区高校优秀共产党员2人，自治区民族团结进步先进个人1人，自治区优秀科技工作者1人，自治区“三八”红旗手1人，自治区最美科技工作者1人，自治区“草原英才”4人，自治区“111”工程一、二层次2人，自治区“新世纪321”人才工程一、二层次7人，1人荣获“乌兰夫蒙古语言文字奖”，1人荣获“中药现代化科技产业基地建设十周年”先进个人，1名辅导员荣获全国高校辅导员年度人物提名奖，自治区高校青年教师教学技能比赛一等奖1人、二等奖1人，自治区蒙医疗术和蒙药技能职工职业技能比赛一等奖1人、二等奖2人。
学院现已形成从本科教育到硕士研究生、博士研究生教育以及留学生教育等多层次、多类型的人才培养格局。学院拥有中药学一级学科博士学位授权点和中药学、中医学一级学科硕士学位授权点，以及中药学硕士专业学位授权点。学院现有蒙药学和药物制剂两个本科专业，其中蒙药学为国家一流专业、自治区品牌专业，药物制剂（蒙授）为国家特色专业、自治区品牌专业。2012年蒙药学获得“服务国家特殊需求博士人才培养项目”，2021年中（蒙）药学学科获批国家中药学一级学科博士授权点。2023年，中药学学科再次入选自治区“一流学科”，少数民族药学（蒙药学）学科入选国家中医药管理局高水平重点学科建设项目。现有自治区级优质精品课程1门，自治区级精品课程5门，自治区级一流课程2门，自治区级优秀教学团队4个。
学院拥有蒙医药研发工程教育部重点实验室、蒙药研发国家地方联合工程研究中心和国家药品监督管理局中药（蒙药）质量控制重点实验室，4个自治区重点实验室和工程研究中心，以及1个中（蒙）药资源开发集成攻关大平台。
学院承担重大科研项目能力和发表高水平论文能力在不断提升，累计获准各类科学研究项目300余项，获准科研经费近1亿，其中包括国家重点研发计划“中医药现代化研究”重点专项、国家科技支撑计划项目、国家973前期研究专项课题、国家自然科学基金、国家社会科学基金、自治区自然科学基金等各类重大项目。获得自治区级以上科技成果奖励14项，获得6个新药专利证书，授权国家发明专利20余项；学院承担国家中医药管理局“21世纪高等学校蒙医学专业教材”和国家教育部“面向21世纪教育振兴行动计划高等教育蒙医药学规划教材”编写任务，已出版本科教材36部、博士研究生教材11部。
学院现有在校生667人，其中本科生478人，硕士研究生168（留学生15人），博士研究生21人,(留学生7人）。
“十四五”期间，学院以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，按照建设中国特色世界一流大学的总体要求，以立德树人为根本，坚持“面向需求、立足前沿、拓展交叉、特色一流”的办学思路，围绕中药学一流学科重点建设领域，形成“搭建大平台、汇聚大团队、产出大成果、培养一流人才”的联动发展格局，显著提升学科整体实力，为建设让党放心、人民满意、特色鲜明的一流大学做出更多更大贡献！