蒙医药学院是 2000年通辽地区三所高校（内蒙古民族师院、内蒙古蒙医学院和哲里木畜牧学院）合并成立内蒙古民族大学之后原内蒙古蒙医学院的主体部分蒙医系和蒙药系合并组建的内蒙古民族大学二级学院。原内蒙古蒙医学院是在 1958 年内蒙古自治区人民政府批准建立的哲里木盟通辽卫生学校的基础上，于 1978 年 12 月 28 日经国务院批准建立的首批获得学士学位授予权的医药高等院校之一，并通过了1997年国家教委组织的首批本科院校教学工作合格评价的院校。
1978 年学院刚成立时名称为哲里木盟医学院（[78]教计字1427号）。 当时哲里木盟隶属吉林省管辖。哲里木盟医学院分大学部和中转部，大学部设蒙医学和临床医学两个本科专业。于1979吉林省教育厅又将哲里木盟医学院更名为哲里木医学院（吉教字[79]43号）。1979年招收了蒙医学和临床医学两个专业首届本科学生。 中专部于1984 年分离恢复了哲里木盟卫生学校原建制。
哲里木盟于1979 年秋回归内蒙古自治区管辖之后，1980年10月，内蒙政府将正在筹建中的内蒙古民族医学院从呼和浩特市迁址到通辽市与哲里木医学院合并组建了内蒙古民族医学院，从此学院改名为内蒙古民族医学院，确立以蒙医学教育为主题的办学方针，于1987年2月7日改为内蒙古蒙医学院（内政发[1987]6号），于同年4月20日召开成立大会，国家副主席乌兰夫为内蒙古蒙医学院来电祝贺并题词：“继承和发扬蒙医药优秀遗产”，原卫生部部长崔月犁题写校名：“内蒙古蒙医学院”。
通辽地区地处内蒙古的东部，蒙古族人口绝对数在自治区各盟市中位居首位， 占全区蒙古族人口的 1/3 ，占全国蒙古族人口的 1/4 。当时民族医学院选址通辽，是自治区政府对教育的地域平衡和民族分布的主要考虑。
学院于1981年创建蒙医系，于1987 年创建了蒙药系。
学院于1985年开始组织编写全国蒙医药高等教育第一版统编教材，共出版23部，截止 93 年己全部投入使用，其中 6 门教材获自治区和国家奖励。这项工作填补了蒙医高等教育无正规教材的空白。
蒙医学专业于1985 年被评为自治区重点扶持专业、蒙医学学科于1987年被评为自治区重点学科。
1988 年招收首届蒙药专业专科班。
1995 年增设招收蒙医骨伤专业专科班。
2000 年 7 月 16 日通辽地区三所高校合并成立内蒙古民族大学，于10月14日成立蒙医药学院。
2000年蒙医药楼
2007年蒙医药楼
2018年蒙医药教学科研大楼