内蒙古民族大学蒙医药学院的前身哲里木盟卫生学校始建于1958年，1979年更名为哲里木医学院，1980年更名为内蒙古民族医学院，1987年更名为内蒙古蒙医学院。2000年，内蒙古通辽地区三所高校（内蒙古民族师范学院、内蒙古蒙医学院、哲里木畜牧学院）合并成立内蒙古民族大学，原内蒙古蒙医学院的蒙医系和蒙药系合并组建蒙医药学院。
学院现有教职工63人，其中具有高级职称人员26人，博士学位人员36人，有专兼职博士生导师22人，硕士生导师46人。有享受国务院政府特殊津贴专家2人，全国先进工作者1人，自治区杰出人才2人，自治区“草原英才”创新团队2个，“草原英才”8人，自治区突出贡献专家8人，自治区高校教学名师1人，自治区优秀教师3人，自治区名蒙医2人，自治区高校优秀教育工作者1人，自治区高校优秀党务工作者1人，自治区高校优秀共产党员2人，自治区民族团结进步先进个人1人，自治区优秀科技工作者1人，自治区“三八”红旗手1人，自治区最美科技工作者1人，“乌兰夫蒙古语言文字奖”获得者1人，“中药现代化科技产业基地建设十周年”获得者1人，全国高校辅导员年度人物提名奖获得者1人，另有多名教师在自治区总工会主办的教学技能大赛、职工职业技能大赛中获一、二等奖项，为学院争得了荣誉。
学院始终坚持教学与科研并重的理念，已经形成本科教育、硕士研究生教育、博士研究生教育以及留学生教育等多层次、多类型的人才培养格局。2012年，蒙药学获批“服务国家特殊需求博士人才培养项目”。2021年，中（蒙）药学学科获批国家中药学一级学科博士授权点。2023年，中药学学科再次入选自治区“一流学科”，少数民族药学（蒙药学）学科入选国家中医药管理局高水平重点学科建设项目。现有中药学一级学科博士学位授权点、中药学、中医学一级学科硕士学位授权点以及中药学硕士专业学位授权点。设置蒙药学和药物制剂两个本科专业，其中蒙药学专业国家级一流专业建设点、自治区品牌专业，药物制剂（蒙授）为国家特色专业、自治区品牌专业。有自治区级优质精品课程1门，自治区级精品课程5门，自治区级一流课程2门，自治区级优秀教学团队4个。2023年，学院获批自治区蒙药学拔尖学生培养基地。
学院拥有蒙药研发国家地方联合工程研究中心、蒙医药研发工程教育部重点实验室、国家药品监督管理局中药（蒙药）质量控制重点实验室等3个国家级科研平台，有3个自治区重点实验室和1个工程研究中心，1个自治区级中（蒙）药资源开发集成攻关大平台。
学院承担重大科研项目能力和发表高水平论文能力在不断提升，累计获准各类科学研究项目300余项，获准科研经费近1亿，其中包括国家重点研发计划“中医药现代化研究”重点专项、国家科技支撑计划项目、国家973前期研究专项课题、国家自然科学基金、国家社会科学基金、自治区自然科学基金等各类重大项目。获得自治区级以上科技成果奖励14项，获得6个新药专利证书，授权国家发明专利40余项；学院承担国家中医药管理局“21世纪高等学校蒙医学专业教材”和教育部“面向21世纪教育振兴行动计划高等教育蒙医药学规划教材”编写任务，已出版本科教材36部、博士研究生教材11部。
学院现有在校生662人，其中博士研究生20人，硕士研究生139人，本科生503人。
学院以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，以铸牢中华民族共同体意识为主线，坚持“面向需求、立足前沿、拓展交叉、特色一流”的办学思路，围绕中药学一流学科重点建设领域，扎根北疆，为建设特色鲜明、区域一流、人民满意的高水平应用型大学做出更大的贡献！